O Mosteiro de São Pedro de Cete é um exemplar da arquitectura religiosa, românica e gótica, sendo uma igreja monacal, de nave única com planta longitudinal e capela-mor de dois tramos de remate semicircular e frontispício em empena, normalmente considerada como românica, embora classificada por Almeida como gótica, visto resultar de uma reconstrução do séc. XIV.

Da primitiva igreja românica, possivelmente da segunda metade do séc. XII, conservam-se algumas pedras decoradas, o portal do claustro e a parte inferior dos muros de grande parte da nave. A torre ameada e o possante botaréu que ladeia o pórtico sublinham o carácter defensivo da sua construção.
O arranjo da fachada, a relação entre o comprimento e a largura da igreja, a relação entre o pé-direito da cabeceira e da nave e a escultura dos capitéis e dos cachorros evidenciam o estilo gótico da construção deste mosteiro.
Da construção mais antiga ali existente foram reaproveitadas as primeiras fiadas da nave e, provavelmente, o portal sul que dá acesso ao claustro.
Na campanha de obras realizada nos séculos XIII e XIV a capela-mora foi reerguida, a nave aumentada em altura e em comprimento e a fachada principal completamente remodelada. Pode encontrar-se, nas paredes, uma boa quantidade de siglas, quase todas geométricas.
O alçado da cabeceira possui as características próprias do Românico, ao empregar arcadas-cegas para ritmar e animar a parede. Os cachorros de proa que seguram a cornija são, no entanto, claramente góticos, tal como a relação de altura entre a nave e a cabeceira é típica deste estilo arquitectónico.

O portal principal retoma aspectos do Românico epigonal, apesar do portal lateral norte ser identificável com o estilo gótico.
A torre, que abriga a capela funerária de D. Gonçalo Oveques, para além da função sineira, assume o simbolismo de representar uma senhoria, já que na época medieval, o abade é, normalmente, um nobre. Perante o seu aspecto robusto e defensivo, não seria, de todo, uma torre destinada a habitação.
Na época manuelina, o Mosteiro sofreu remodelações, nomeadamente o claustro, a Sala do Capítulo, o contraforte da fachada principal de reforço à torre, o arranjo da abóbada da capela funerária e do arcossólio de D. Gonçalo Oveques.
O interior da capela recebeu, ainda, painéis de azulejos policromados, de origem hispano-mourisca, compostos por silhares de padronagem diferenciada: fitomórfica, geometrizante e laçarias.
Os painéis, que recorrem ao azul, ao verde e ao castanho sobre fundo branco, são delimitados por cercaduras de desenho geométrico simplificado.